La bactérie Agrobacterium tumefaciens affecte de nombreuses plantes herbacées et ligneuses réparties dans 93 familles. Les plantes de la famille des rosacées sont particulièrement sensibles comme le pommier, le poirier, le cerisier, le rosier et le framboisier. Aujourd’hui, les tests de détection utilisés en biologie moléculaire (PCR) permettent de déceler plus facilement la bactérie Agrobacterium dans les jeunes et les vieilles tumeurs. Au champ, la tumeur du collet est généralement très localisée ou distribuée de manière éparse.
 
Chez la tomate, la tumeur du collet est occasionnelle et mineure. La tomate est sensible à cette bactérie, car elle sert de plante indicatrice pour confirmer le pouvoir pathogène des bactéries soupçonnées d'appartenir à cette espèce. Malgré ce fait, les pertes de plants sont rares en production. Les galles se manifestent généralement sur le porte-greffe ou à la greffe.

Feuille : présence d’un jaunissement diffus entre les nervures des jeunes feuilles.
 
Collet: en culture hors-sol sur laine de roche, présence de galles blanches à jaunâtres, plutôt rondes ou ressemblant à l’inflorescence d’un chou-fleur, spongieuses ou fermes. En vieillissant, elles deviennent brun pâle à brunes, se lignifient et fendent. Les tumeurs varient en grosseur. Elles font irruption au travers de l’épiderme, à partir des lenticelles ou du point d’attache des racines latérales sur la racine principale.
 
Racine : en culture hors-sol sur de la tourbe, présence de petites galles beiges à brun pâle, ressemblant à l’inflorescence d’un chou-fleur, spongieuses ou fermes, qui se lignifient avec le temps. Les galles se développent progressivement sur l’ensemble des racines.
 
Plant : retard de croissance.

La tumeur du collet peut être confondue avec des cals de cicatrisation qui se développent à la suite d’une blessure mécanique, le point de greffe (pas de pelage de l’épiderme) ou des galles induites par les nématodes ou les insectes.

La bactérie vit naturellement dans le sol près des racines et elle est attirée par les exsudats racinaires émis par les racines blessées. Elle est disséminée aux nouveaux plants et dans le sol par les éclaboussures d’eau, l’eau d’irrigation, la machinerie agricole et les outils, le vent, les insectes et les parties végétales utilisées pour la multiplication des plants. Les blessures sont essentielles pour initier les infections et amorcer le cycle de la maladie (ex. : taille, dommages hivernaux, émergence de nouvelles racines latérales, etc.). Les tumeurs sont produites une fois que la bactérie a transféré une partie de son matériel génétique (plasmide Ti (Tumor-inducing)) à la cellule végétale. Le plasmide accélère la production d’hormones de croissance qui se reflète par une croissance désordonnée et illimitée engendrant l’apparition de tumeurs 2 à 4 semaines suivant l’infection. Par la suite, les tumeurs continuent de grossir et les plants sont de moins en moins productifs, car la circulation de la sève et des éléments minéraux sont perturbés par la présence de la bactérie dans le système vasculaire. Les tumeurs continuent de se développer en l’absence de la bactérie.

Afin de limiter l’introduction et la propagation d’Agrobacterium, la prévention demeure la meilleure méthode de lutte, car une fois la plante infectée, il n’existe aucune méthode de lutte curative. Dans un premier temps, il faut éviter d’établir une culture de tomate au champ sur un site ayant des antécédents de la maladie. Sinon, une rotation des cultures (4 à 5 ans) avec des plantes non hôtes (avoine, graminées, maïs, oignon) doit être pratiquée avant l’établissement des cultures. Le sol doit être bien drainé. Les jeunes plants doivent être inspectés lors de la transplantation. Ils doivent être sains et exempts de tumeurs et de blessures. Les plants affectés doivent être détruits (brûlés) et non compostés. Il est recommandé de choisir un porte-greffe avec une faible sensibilité à la tumeur du collet et minimiser les blessures au tronc au niveau du sol lors des pratiques culturales. Sur les végétaux nécessitant une taille, celle-ci doit être réalisée par temps sec. La désinfection des outils de travail est primordiale. Assurer un bon contrôle des populations d’insectes et de nématodes. Éviter l’apport de sol contaminé par Agrobacterium. Un produit de lutte biologique est homologué au Québec pour certaines plantes cultivées en pépinière, soit le Dygall (Agrobacterium radiobacter souche K84). Le Dygall doit être utilisé à titre préventif en trempant les racines dans la solution d’A. radiobacter avant la transplantation au champ.

http://ephytia.inra.fr/fr/C/5288/Tomate-Agrobacterium-tumefaciens

http://www.genomenewsnetwork.org/articles/11_01/Silencing_genes.shtml