Le champignon Phialophora gregata affecte le soya, mais également le haricot mungo (soya vert) et le haricot azuki (soya rouge). Ce champignon s’attaque au système vasculaire de la plante et infecte les plants par les racines. Sa progression à l’intérieur de la plante est lente jusqu’au moment du remplissage des gousses. Les symptômes s’intensifient par la suite lorsque des conditions fraiches et humides précèdent des conditions chaudes et sèches lors du développement des gousses. Cette maladie peut causer des pertes de rendement importantes (entre 15 et 30 %) et affecter la qualité et la quantité de graines par gousse. Au Québec, cette maladie a été rarement observée et est considérée comme occasionnelle et mineure. Les plants infectés apparaissent en foyer.

Feuille : jaunissement puis brunissement du limbe entre les nervures. Les symptômes foliaires apparaissent lors du plein développement des gousses ou juste après. Les symptômes foliaires ne sont pas toujours visibles et varient selon le cultivar et les conditions climatiques.
 
Gousse : remplissage défient. Réduction du nombre et de la grosseur des graines.
 
Tige : brunissement de l’épiderme, du système vasculaire et de la moelle. Pourriture des tiges.
 
Plant : flétrissement soudain des plants.

Cette maladie est souvent confondue avec le syndrome de la mort subite, causée par le champignon Fusarium virguliforme ( syn. Fusarium solani f. sp. glycines). Pour distinguer les deux maladies, la meilleure méthode consiste à fendre la tige dans le sens de la longueur pour examiner la couleur de la moelle. Chez les plants infectés par la pourriture brune de la tige, la moelle est brune et pourrie tandis qu’elle est encore blanche dans le cas du syndrome de la mort subite. Elle peut également être confondue avec la fusariose vasculaire (Fusarium oxysporum – moelle blanche) et la brûlure phomopsienne (Phomopsis phaseoli – brunissement de la moelle aux nœuds, présence de pycnides).

Le champignon hiverne pendant 3 à 5 ans dans les résidus de culture et le sol sous la forme de mycélium. Au printemps, des spores sont produites et entrent dans la plante par les racines. Le champignon croit en se développant dans le système vasculaire (xylème) de la plante ce qui assure une dispersion rapide du champignon dans la plante. Le champignon peut également coloniser le système vasculaire des feuilles. Sur la tige, la maladie se développe entre 15 et 27 °C. Au-delà de 27 °C, elle est ralentie ou inhibée. Les symptômes foliaires apparaissent après la formation des gousses lorsque les conditions sont fraiches et humides. Ils sont plus sévères sur les plants qui ont reçu beaucoup de précipitations ou qui ont été irrigués. Les symptômes apparaissent généralement vers la mi-août. La maladie est plus répandue lorsqu’un travail réduit du sol est privilégié. La pourriture brune des tiges est souvent observée dans les champs colonisés par le nématode à kystes du soya (NKS - Heterodera glycines). La maladie se transmet de champ en champ par de la terre souillée.

Pour empêcher le développement de la pourriture brune des tiges, il faut privilégier une rotation des cultures (> 3 ans) avec des plantes non hôtes (maïs, céréales), employer des variétés tolérantes, travailler le sol et enfouir les résidus de culture, car la maladie est liée à la vitesse de décomposition des résidus, maintenir un pH du sol alcalin et assurer un contrôle du NKS.

Hartmann G. L., Rupe J. C., Sikora E. J., Domier L. L., Davis J. A. & Steffey K. L. (Eds) (2015). Brown Stem Rot. Dans Compendium of Soybean Diseases and Pests. 5e éd. APS Press, The American Phytopathological Society Press, St-Paul, Minnesota. p. 64-67.

http://www.pioneer.com/CMRoot/Pioneer/Canada_fr/agronomie/librairie/pourriture_brune_de_la_tige.pdf

http://www.extension.umn.edu/agriculture/crop-diseases/soybean/brownstemrot.html

https://www.extension.umn.edu/agriculture/ag-professionals/cpm/2015/docs/2015-malvick.pdf

http://www.ipm.iastate.edu/ipm/icm/2007/3-26/bsr_vs_sds.html