La pourriture du col est une maladie commune et fréquente de l’oignon en entrepôt. Elle se manifeste parfois sur les bulbes au champ lors de saisons humides. Elle affecte la plupart des Allium, mais les oignons blancs et espagnols sont particulièrement sensibles. Les pertes de rendement peuvent êtes importantes en entrepôt (30 à 50 %). Différentes espèces de Botrytis sont capables d’induire cette pourriture dont B. aclada (syn. B. allii) et B. squamosa (sur oignon et échalote surtout) et B. porri et B. byssoidea (sur ail et poireau surtout).

Bulbe : la pourriture débute au sommet des bulbes, près du col, et envahit ensuite les tuniques externes et internes, jusqu’au plateau racinaire. Les tuniques deviennent molles, humides et translucides. Les bulbes infectés sont plus légers. Présence d’une sporulation grisâtre et de sclérotes noirs sur et dans le bulbe. Le bulbe sèche puis se momifie.

La pourriture du col peut être confondue à des pourritures molles bactériennes (absence de sporulation).

Le champignon hiverne dans le sol, les bulbes infectés et les résidus de culture sous la forme de sclérotes. Les sclérotes demeurent viables quelques années. Botrytis peut parfois se propager par la semence. Au printemps, par temps frais (entre 15 et 20 °C) et pluvieux, les sclérotes germent et produisent des conidies (inoculum primaire). Cet inoculum est dispersé par le vent et la pluie et va infecter les feuilles. Les infections se produisent, mais demeurent latentes et ne se manifesteront qu’à la sénescence des feuilles (maturation du bulbe) ou lors de l’entreposage (4 à 8 semaines plus tard). Botrytis colonise également le col des bulbes d’oignon en fin de végétation, lors de la maturation des bulbes, alors que les tissus du col deviennent moins turgescents. Botrytis peut alors envahir plus facilement ces tissus. Les bulbes infectés sont légers à cause des tissus internes mous et des tuniques externes sèches. Les bulbes infectés qui se développent en entrepôt ne peuvent pas infectés des bulbes sains, car Botrytis ne se développe que sur des tissus sénescents ou morts, jamais à partir de tissus vivants.

Pour contrer le développement de la pourriture du col et diminuer la banque de sclérotes dans le sol, il faut prioriser la rotation des cultures (> 2 ans) avec des plants non hôtes (maïs, carotte, betterave) et éliminer les déchets d’oignon laissés au champ, les bulbes blessés ou à col épais. Un séchage et un entreposage adéquat des bulbes (0 à 1 °C, 70 à 75 % d’humidité relative) réduisent la maladie. Au fil des ans, cette maladie a été réduite par l’enrobage des semences avec des fongicides systémiques et par le séchage à l’air chaud.

Richard C. & Boivin G. (1994). Pourriture du col. Dans Maladies et Ravageurs des Cultures Légumières au Canada. La Société Canadienne de Phytopathologie et la Société d'Entomologie du Canada, Canada. p. 208-209. (http://phytopath.ca/wp-content/uploads/2014/10/MRCLC/ch13-oignon.pdf)
 
Schwartz H. K. & Mohan S. K. (Eds) (2008). Neck Rot. Dans Compendium of Onion and Garlic Diseases and Pests. 2e éd. APS Press, The American Phytopathological Society, St-Paul, Minnesota. p. 47-49.

http://extension.usu.edu/files/publications/factsheet/onion-neckrot.pdf

http://learningstore.uwex.edu/assets/pdfs/A3803.pdf