La fusariose des racines et du collet est causée essentiellement par le champignon Fusarium oxysporum f. sp. radicis-lycopersici (FORL) mais également par d'autres espèces de Fusarium, en particulier F. solani. Elle affecte essentiellement la tomate de serre et à un degré moindre la tomate de champ. On la retrouve également sur d’autres solanacées (poivron, aubergine), quelques légumes (haricot, betterave, épinard, oignon, etc.) et de nombreuses mauvaises herbes qui demeurent souvent asymptomatiques. L’utilisation de porte-greffes résistant a permis de réduire considérablement les pertes liées au FORL. Néanmoins, c’est une maladie fréquente et importante qui peut être un problème sérieux pour la production de transplants en serre. Le champignon survit également très bien dans les systèmes d’irrigation, de drainage et de recyclage de la solution nutritive. Les plants avec des fruits sont les plus affectés et en serre, les symptômes se manifestent juste avant la première cueillette. La maladie serait plus sévère dans les sols fumigés ou stérilisés puisque toute forme de compétition est détruite. Des pertes de rendement peuvent se situer entre 20 et 60 % en serre et entre 20 et 40 % en champ.

Plantule : jaunissement et chute prématurée des feuilles. Lésions brunes sur l’hypocotyle. Mortalité possible.
 
Feuille : jaunissement puis brunissement des feuilles basales débutant à l’apex et progressant sur le limbe. Ce symptôme correspond généralement aux premiers fruits mûrs. Les jeunes feuilles fanent en premier. Mortalité des feuilles.
 
Fruit : pourriture externe et interne. Les tissus sont mous et d’une couleur mate.
 
Tige : progression du chancre au collet sur la partie basale de la tige. Brunissement des tissus vasculaires. Apparition de racines adventives au-dessus des lésions et parfois présence d’un mycélium blanc rosé à saumon.
 
Collet : présence d’un chancre brun, légèrement déprimé, à la ligne du sol et qui apparait souvent un seul côté du collet. Il s’allonge en pointe vers le haut. Brunissement des tissus internes.
 
Racine : au début, présente de petites lésions brunes et rondes qui débutent à partir des racines secondaires pourries. Les lésions deviennent brunes et nécrotiques, d’une grandeur variable, sur les racines principales et secondaires. Dans les cas sévères, pourriture brune du cortex et du cylindre central (péricycle, vaisseaux et moelle) au niveau du pivot et du collet. Les tissus internes sont brun rougeâtre à brun foncé.
 
Plant : amincissement marqué du sommet des tiges et flétrissement des jeunes feuilles. Flétrissement observé le jour lors de température chaude et turgescence des plants la nuit. Les plants peuvent avoir un retard de croissance. Mortalité potentielle.

La fonte des semis par FORL peut être confondue avec celle causée par Pythium. Sur le feuillage et la tige, FORL peut être confondu avec la verticilliose (Verticillium spp. – jaunissement moins prononcé sur le feuillage, brunissement confiné au système vasculaire) et d’autres maladies à flétrissement comme la fusariose vasculaire (Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (FOL) – affecte uniquement le système vasculaire).

FORL hiverne sous la forme de mycélium, de micro- et macroconidies et de chlamydospores dans le sol (durant de longues périodes), à la surface des semences et les résidus de culture. Après la germination des chlamydospores, la dissémination des micro- et macroconidies se fait par l’eau (système d’irrigation, de drainage et de recyclage de la solution nutritive), le vent et les courants d’air, les sciarides (Bradysia sp.), les travailleurs, le matériel agricole souillé par de la terre contaminée et les terreaux. Le champignon pénètre dans les racines et les tissus corticaux par les blessures où il va se loger dans le système vasculaire et entrave le transport de l’eau et des éléments nutritifs. Il pénètre aussi directement par les racines où émergent les racines secondaires. Les infections et le développement de la maladie se font à une température variant entre 10 et 20 °C avec un optimum entre 18 et 20 °C. Les conditions favorables au développement de la maladie sont l’azote ammoniacal, un sol saturé en eau, un pH acide et une salinité élevée.

La lutte contre FORL n’est pas facile, car ce champignon se conserve très longtemps dans les sols et les substrats, et il les recolonise très rapidement lorsque ceux-ci ont été désinfectés. Certaines mesures peuvent être appliquées pour contrer son développement. Il faut utiliser des porte-greffes résistants, des semences certifiées exemptes de maladie, des cultivars résistants lorsque disponibles, transplanter dans des sols chauds (> 20 °C), effectuer une rotation des cultures avec des plantes non hôtes (maïs, laitue qui est immune au FORL, épinard, cresson), éliminer les plants affectés (partie aérienne et racines), les mauvaises herbes et détruire les résidus de culture (et non les enfouir). Éviter de disséminer l’agent pathogène par les sols contaminés, l’équipement et les travailleurs. Le buttage des plants en champ favorise le développement de racines adventives qui compenseront les racines affectées. Quelques agents de lutte biologique et un produit chimique sont disponibles pour lutter contre FORL. En serre, en plus des mesures préconisées précédemment, bien nettoyer l’armature, le matériel et les équipements.

Jones J. J., Zitter T. A., Momol T. M. & Miller S. A. (Eds) (2014). Fusarium Crown and Root Rot. Dans Compendium of Tomato Diseases and Pests. 2e éd. APS Press. The American Phytopathological Society Press, St-Paul, Minnesota. p. 25-27.
 
Richard C. & Boivin G. (1994). Fusariose des racines et du collet de la tomate. Dans Maladies et Ravageurs des Cultures Légumières au Canada. La Société Canadienne de Phytopathologie et la Société d’Entomologie du Canada, Canada. p. 302 et 379-380. (http://phytopath.ca/wp-content/uploads/2014/10/MRCLC/ch18-tomate.pdf) (http://phytopath.ca/wp-content/uploads/2014/10/MRCLC/ch25-tomate-de-serre.pdf)

http://eap.mcgill.ca/agrobio/ab320-05.htm

http://ipm.ifas.ufl.edu/pdfs/Fusarium.pdf

http://vric.ucdavis.edu/ucd-access/VC3%20workgroup/VegCropsPT_2014/01%20Davis%20Fusarium%20Diseases%20of%20Tomato%20Dec%202014.pdf